1963 Bulgaristan, Koşukavak/Kırcali'de doğdu. İlk Öğrenimini Bulgaristanda tamamladı. 1978 de Türkiye'ye göç ederek eğitimini Bursa Çınar Lisesinde tamamladı. Mezuniyetinin hemen ardından Cumhuriyet Üniversitesi Tıp Fakültesini kazandı.

1982-1988 yılları arasında Tıp Eğitimini tamamladı. 1988 yılında Tıp Doktoru olarak Mardin 3 Nolu Sağlık Ocağında göreve başladı. Görevi sırasında Ruh Sağlığı Şube Müdürlüğü Kuruluşunda görev aldı. Görevini tamamladıktan sonra Sivas Numune Hastanesine tayin oldu. 1989 yılında TUS kazanarak Cumhuriyet Üniversitesi Tıp Fakültesi Beyin Cerrahisi Kliniğinde Araştırma Görevlisi olarak ihtisasa başladı. 1995 Yılında Nöroşirurji Uzmanı ünvanını aldı. Aynı klinikte öğretim görevlisi olarak çalışmaya başlayan Op. Dr. Mustafa Akgün, 1996 yılında Yard. Doç. ünvanını aldı.

1997 yılında T.C. Sağlık Bakanlığı tarafından Bursa Mustafakemalpaşa Devlet Hastanesine tayin edildi. Bursa Mustafakemalpaşa Devlet Hastanesinde ilk defa Nöroşirürji Kliniği hizmetleri ve ameliyatları yapılmaya başlanmış oldu. 1998 Yılında Bursa Devlet Hastanesine tayin edilen Op. Dr. Mustafa Akgün 13 yıl süreyle bu hastanede görev aldı.

2011 Yılında Yalova Özel Atakent Hastanesinde görev alarak 7 aylık çalışma süresinin akabinde, 2012-2014 yılları arasında Istanbul Hospitalium Çamlıca Hastanesinde Beyin ve Sinir Cerrahisi Kliniğinde hizmet vermeye başladı. 2014 yılından beri Pendik Özel Remedy Hastanesinde Beyin ve Sinir Cerrahisi Kliniğinde hizmet vermeye devam etmektedir.

1999 Yılından itibaren Almanya, Amerika Birleşik Devletleri, Fransa, Avusturya, Çin ülkelere ziyaretlerde bulundu. En uzun eğitim dönemlerini Almanya'da Stift Evangelista Kliniği Koblenz, KWA Stift Rottal Klinikleri Bad Griesbach Passau da geçirdi. Buradaki kliniklerde Mikroşirürji, Nörolojik Rehabilitasyon Eğitimleri Aldı. 2000 Yılından beri Nörolojik Rehabilitasyon alanında çalışma yapan Op. Dr. Mustafa Akgün bu alanda birçok vaka örneğinde yeni metodlar geliştirerek, uygulama protokollerini devreye sokmuştur.

Op. Dr. Mustafa Akgün, Beyin ve Sinir Sisteminin Yeniden Programlanabileceğini Radyolojik Olarak İspatlayan Dünyadaki İlk Kişidir. Burada WEB sayfalarında sunulan bazı radyolojik görüntüler tamamen orjinal olup, başka yerden alınmamıştır. Beyin programlamasını 2002 yılında göstermeyi başaran Op. Dr. Mustafa Akgün bu çalışmaları sayesinde insan beyninin hasar gördükten sonra Motorik Faaliyetlerinin yeniden programlanabileceğini, bunların kalıcı olduğunu ve felç geçiren olguların bu bilimsel veriler doğrultusunda gelecekte de Nörolojik Rehabilitasyonda kılavuz olacağına inanmaktadır.